Лаборатория биоценологии образовалась в сентябре 2006 года на базе лаборатории паразитологии и функциональной морфологии, которая была создана в 1987 году с целью проведения научных исследований по биологии. В ноябре 2007 года лаборатория биоценологии переименована в научно-исследовательский центр. В 2009 году  научно-исследовательский центр биоценологии был объединен с научным центром системных экологических исследований и стал действовать как научный центр биоценологии и экологических исследований.